Cư dân thành phố Zion chuẩn bị cho cuộc bảo vệ thành phố khỏi làn sóng tấn công của các cỗ máy. Trong khi đó, Neo bị mắc kẹt ở khoảng giữa thế giới thực và ma trận. Còn đặc vụ Smith lại đang có một toan tính có thể tiêu diệt cả hai phe máy móc lẫn con người.
