Trong "G.I. Joe: The Rise of Cobra," một đội quân chọn lọc của quân đội được biết đến với tên gọi G.I. Joe chiến đấu chống lại tay buôn vũ khí tàn ác Destro và tổ chức ác độc Cobra, họ tìm cách phóng một vũ khí tàn phá ra thế giới. Dưới sự lãnh đạo của Duke và Tướng Hawk, đội G.I. Joe phải ngăn chặn các kế hoạch tàn bạo của Cobra trong khi phải đối mặt với xung đột nội bộ và mối thù cá nhân. Khi họ bắt đầu một nhiệm vụ đi qua các quốc gia với những cảnh hành động mạnh mẽ và công nghệ tiên tiến, số phận của nhân loại đặt trong tình trạng bất ổn.